Martín Prieto comenzó su carrera en Greenpeace Argentina como Director Ejecutivo. Logró importantes avances como la sanción de la Ley de Promoción de la Energía Eólica y la Ley de Protección del Bosque Nativo. En 2012, asumió como Director Ejecutivo de Greenpeace Andino, liderando las oficinas de Argentina, Chile y Colombia hasta 2018.
En 2006, Prieto fue designado Líder de la Campaña de Ballenas por Greenpeace International, destacándose en el bloqueo de los intentos de Japón de retomar la caza comercial de ballenas junto a la Comisión Ballenera Internacional. Además, ha sido asesor de Greenpeace International, Greenpeace Mediterráneo, Greenpeace India y Greenpeace Rusia.